数量遗传课题成立于2004年底，现有研究人员4名，科研辅助人员1名，研究生和客座研究人员常年保持在8名左右，主要从事遗传分析与育种方法、遗传育种工具和软件开发、遗传育种应用等3个方面的研究。课题组与CIMMYT（国际玉米小麦改良中心）、IRRI（国际水稻研究所）、澳大利亚昆士兰大学、美国康奈尔大学等科研机构形成长期合作伙伴关系，已完成和正在开展的研究项目主要来自GCP挑战计划、HarvestPlus挑战计划、国家973计划、国家863计划、自然科学基金、留学人员择优资助等。近5年来在Genetics、TAG、Molecular Breeding、Crop Science、PLoS One、《作物学报》等刊物发表30余篇研究论文。自主研发了连锁图谱构建与QTL作图集成软件QTL IciMapping，并获国家版权保护中心软件著作登记，自主研发了育种模拟工具QuLine、QuHybrid和QuMARS等。